Versione handbrake? mac os?
edit: prova anche versioni precedenti, a me su snow leopard funziona con VLC 1.0.2.
Eventualmente prova a cestinare le preferenze di VLC o di Handbrake e riaprirli. (se non funziona puoi rimettere il file dove era e cancellare quello nuovo che si sarà creato).
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