La prima è la versione java che usa il sistema (ovvero le eventuali applicazioni scritte in java) e te la fornisce apple e devi aggiornare. la seconda è il plugin java per il browser e te la fornisce oracle e serve per la navigazione. quest'ultima, se abilitata e scaricata nelle corretta versione, ma nessuno lo fa, può essere usata anche per il sistema e quindi sostituisce quella di apple.
In conclusione, devi aggiornare entrambe. la prima da aggiornamento software, la seconda da preferenze di sistema/java-->aggiorna.
Per vedere la versione java di sistema, apri il terminale e digita: java -version (e vedrai che hai la 1.6)
per vedere che versione java usi nel browser, leggi il post di Klaus (e vedrai che hai la 1.7).