In realtà non esiste un criterio unico e immodificabile; a parte le applicazioni di iLife (iPhoto, iDvd, iMovie ecc) nonché quelle che hanno un loro installer, che è meglio non spostare, generalmente le applicazioni possono stare in un punto qualsiasi del disco.
Nella Libreria è meglio non mettere le mani se non si è particolarmente esperti.
Un approccio potrebbe essere quello di non curare particolarmente l'organizzazione; io personalmente non mi preoccupo molto della suddivisione in sottocartelle perché comunque uso sempre Spotlight per lanciare le applicazioni (e dunque non mi interessa molto sapere dove siano effettivamente).
Ti segnalo altre due applicazioni utili a questo scopo:
Namely
Rapido Start
Aspettiamo altri pareri e differenti "punti di vista"
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