se ho capito bene hai capito bene (scusa il gioco di parole ) probabilmente hai accidentalmente condiviso cartelle che non volevi condividere.
Tieni anche conto che in fase di avvio amule e' impostato per ricreare il file hash e quindi e' possibile che finche' non lo riavvii i cambiamenti non saranno operativi.
per ulteriori conferme ti rimando al tutorial
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