non c'è relazione tra l'indicizzazione e quello che chiami upgrade dei programmi. sono cose diverse ma entrambe possono significare problemi al sistema. tutti già affrontanti ampiamente nel forum.
per quanto riguarda spotlight elimina il database con il comando che leggi qui sotto e attendi che l'indicizzazione finisca (anche 2 ore). se non basta, reinstalla il sistema da disco di recupero. non perdi i tuoi dati. questo probabilmente ti risolve anche il problema di aggiornamento software che, però, non hai spiegato nei dettagli. (nessuno ha capito se parli di aggiornamento software piuttosto che dell'installer in generale).
apri il terminale e digita sudo mdutil -E /
dai invio, scrivi la pass di admin (che non vedi mentre scrivi) e dai nuovamente invio.
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