Sei sicuro che Safari sia realmente chiuso? Se sotto la sua icona nel Dock vedi il pallino luminoso Safari è ancora aperto, sono solo chiuse tutte le sue finestre.
Per chiudere veramente un'applicazione vai nel suo menù testuale in alto, clicca sul suo nome e poi su Esci da... (oppure cmd + Q). Puoi anche tenere premuto il click del mouse sulla sua icona nel Dock e poi selezionare la voce Esci.
In alternativa, quando visualizzi il messaggio durante l'installazione di Flash Player puoi anche fare click sull'icona alla sinistra di Safari e di eventuali altri programmi che bloccano l'installazione: quelle applicazioni verranno chiuse e potrai procedere.
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