Non sono sicuro di aver capito bene, ma tento lo stesso una risposta.
Se non ricordo male, non mi pare possibile salvare le selezioni su gimp, ma puoi "copiare ed incollare" le selezioni su di un nuovo documento. In questa maniera avrai un livello per ogni viso. Il nuovo documento avrà lo sfondo che vorrai tu.
La questione del "rettangolo/quadrato sottostante che non si devono vedere non mi è chiara ed è per questo che dubito di aver capito ciò che chiedi.
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