Probabilmente iTunes vede questi audiolibri come normali files audio, mentre credo che gli audiolibri di iTunes siano in un formato particolare.
In attesa di conferme o smentite ti segnalo un paio di discussioni:
http://www.tuttologia.com/macp2p/showthread.php?t=22113
http://www.tuttologia.com/macp2p/showthread.php?t=8222
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