secondo hard disk...

Ciao a tutti,
ho un Mac Mini "late 2009", ho installato un secondo hard disk con l'apposito cassetto che elimina il lettore DVD/CD.
Dopo aver clonato l'hd originale in quello nuovo mi è venuto un dubbio, riguarda le librerie di iTunes e iPhoto, ora sto usando come disco di avvio il secondo hd dato che è più capiente e da 7200rpm...mi chiedevo se si può eliminare tutti i files sull'hd originale tenendo solo il sistema operativo da usare in caso di problemi con il secondo...
Oppure se qualcuno ha un suggerimento su come usare l'hd originale, se tenerlo esclusivamente come disco per i back-up o altro..
Grazie.