Convertire files .mov h264 in .mov PNG to HTML

Salve a tutti ancora una volta,
mi accingo ad affrontare un lavoro piuttosto laborioso: convertire una serie di video in filmati .mov PNG.
Laborioso perché ciascun filmato (della durata di 03:30 minuti ca.) dovrà pesare non più di 10-12 Mb, con canale alpha attivo. Ho eseguito diverse prove tramite molti software, tra cui After Effects, Adobe Media Encoder, Compressor, FCP, MPEG Streamclip, ma nessuno di questi mi permette di determinare a monte la qualità di output del filmato, e di conseguenza il suo peso. Col risultato che mi ritrovo sfilze lunghissime di PNG da 500 KB l'una, per un totale di 300-400 Mb di video. Decisamente troppo.

Avete qualche workflow o software in mente che possa venirmi incontro, o anche formati di esportazione alternativi al .mov PNG. implementabili in un progetto web HTML?

Grazie :smt039