Si può facilmente fare un remux dei video usando un freeware come REMUX

http://www.nef.wh.uni-dortmund.de/~mt/remux/
Scarica e installa Remux. E poi trascina tutti i tuoi filmati nella finestra principale.
Li selezioni e scegli AVI come contenitore. Lascia "no" all'opzione eventuale di ricodifica audio.

Otterrai in pochi secondi i tuoi filmati nel nuovo contenitore .avi ma senza alcuna nuova codifica: e i filmati non perdono qualità, restano identici (MPEG2 + Ac3).
Sono compatibili con Quicktime + Perian

Per prudenza: non sovrascrivere i filmati. Registrali in una nuova cartella!